...возможно аниме, который смотрела лет 10-15 назад. Там была клиника в которой лечили экзотические болезни, запуская в организм уменьшеный до микроскопических размеров "звездолет" с экипажем. И были там какие-то алиены, исследующие людей, делая с ними всякие гадости, у них тоже был аналогичный корабль. В последней серии капитан алиенского корабля отключает защитное поле и его облепливают фагоциты.